Τα μέλη της Σχολής έχουν έντονη ερευνητική δραστηριότητα που καλύπτει πλήρως τις περιοχές της Ναυπηγικής, της Ναυτικής Μηχανολογίας και των Θαλάσσιων Μεταφορών. Στην ερευνητική διαδικασία, τόσο σε θέματα βασικής όσο και εφαρμοσμένης έρευνας,  μετέχει ενεργά το σύνολο του διδακτικού και ερευνητικού προσωπικού της Σχολής (μέλη ΔΕΠ, ΕΔΙΠ και ΕΤΕΠ), οι υποψήφιοι διδάκτορες αλλά και οι προπτυχιακοί και οι μεταπτυχιακοί φοιτητές (κυρίως κατά τη διάρκεια εκπόνησης διπλωματικών και μεταπτυχιακών εργασιών). Η ερευνητική διαδικασία υποστηρίζεται από τα Εργαστήρια της Σχολής που είναι εξοπλισμένα με σύγχρονες εγκαταστάσεις, κάποιες από τις οποίες είναι μοναδικές στην Ελλάδα και υποστηρίζουν εκτός από τις ερευνητικές δραστηριότητες των μελών της Σχολής και τις ανάγκες της Ελληνικής ναυτιλιακής βιομηχανίας. Η χρηματοδοτούμενη έρευνα υποστηρίζεται κυρίως μέσω ευρωπαϊκών και εθνικών ερευνητικών προγραμμάτων, στο πλαίσιο των οποίων τα μέλη της Σχολής αναπτύσσουν συνεργασίες με Πανεπιστήμια, ερευνητικά ιδρύματα και βιομηχανίες στην Ελλάδα και στο εξωτερικό.  Τα αποτελέσματα της ερευνητικής δραστηριότητας υποστηρίζουν τον συνεχή εκσυγχρονισμό της εκπαιδευτικής διαδικασίας και αποτυπώνονται στις επιστημονικές δημοσιεύσεις των μελών της Σχολής σε διεθνή επιστημονικά περιοδικά και συνέδρια.