Η γραμματεία της σχολής είναι αρμόδια για τη διοικητική υποστήριξη των μαθημάτων και των λοιπών δραστηριοτήτων της σχολής. Στις αρμοδιότητες της γραμματείας περιλαμβάνονται, μεταξύ άλλων :

• Οργάνωση της εγγραφής των φοιτητών σε κάθε ακαδημαϊκό εξάμηνο
• Έκδοση, μετά από αίτηση του φοιτητή, πιστοποιητικών εγγραφής στη σχολή και αναλυτικής βαθμολογίας
• Κεντρική καταχώρηση της βαθμολογίας των φοιτητών
• Έκδοση των ωρολογίων προγραμμάτων μαθημάτων και εξεταστικών περιόδων

Η γραμματεία της σχολής βρίσκεται στο ισόγειο του κτηρίου Ναυπηγών Μηχανολόγων Μηχανικών και δέχεται το κοινό κάθε εργάσιμη ημέρα από 09.30 έως 13.30.

Στον ίδιο χώρο στεγάζεται και η γραμματεία του Διατμηματικού Προγράμματος Μεταπτυχιακών Σπουδών στη ΝΑΥΤΙΚΗ ΚΑΙ ΘΑΛΑΣΣΙΑ ΤΕΧΝΟΛΟΓΙΑ και δέχεται το κοινό κάθε εργάσιμη ημέρα από 09.30 έως 13.30.