Οι φοιτητές της Σχολής, μετά την ολοκλήρωση των προπτυχιακών σπουδών τους, έχουν τη δυνατότητα να ακολουθήσουν μεταπτυχιακές σπουδές ή να ξεκινήσουν την εκπόνηση διδακτορικής διατριβής στην Ελλάδα ή στο εξωτερικό.
Η Σχολή συντονίζει το Διατμηματικό Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών στη Ναυτική και Θαλάσσια Τεχνολογία με συμμετοχή πέντε Σχολών του ΕΜΠ, του Τμήματος Φυσικής του ΕΚΠΑ και του Ελληνικού Κέντρου Θαλάσσιων Ερευνών. Περισσότερες πληροφορίες για το ΔΠΜΣ στη Ναυτική και Θαλάσσια Τεχνολογία δείτε εδώ.
Η Σχολή παρέχει τη δυνατότητα εκπόνησης Διδακτορικής Διατριβής στις Επιστημονικές Περιοχές της Ναυπηγικής, της Ναυτικής Μηχανολογίας, των Θαλάσσιων Μεταφορών και της Θαλάσσιας Επιστήμης και Τεχνολογίας.
Οι φοιτητές της Σχολής, τόσο κατά τη διάρκεια των προπτυχιακών σπουδών τους, όσο και (κυρίως) μετά από αυτές, σε περίπτωση που επιλέξουν να ακολουθήσουν μεταπτυχιακές σπουδές ή να ξεκινήσουν την εκπόνηση διδακτορικής διατριβής, έχουν τη δυνατότητα να διεκδικήσουν μια από τις υποτροφίες που προσφέρονται από το κράτος (ΙΚΥ), το ΕΜΠ (ΕΛΚΕ) ή από διάφορα ιδρύματα και χορηγίες.
Μεταξύ άλλων, υποτροφίες προσφέρονται από: